Este finalmente llegó de Kazajistán, país del corredor estrella del equipo, Alexander Vinokourov, quien llamó personalmente al primer ministro de Kazajistán, antiguo ciclista y presidente de la federación de ciclismo. Saiz, quien en un primer momento había mentido a su equipo asegurando que lo que portaba en el momento de su detención no eran sustancias dopantes sino productos contra el asma, anunció el 8 de junio su retiro temporal de la dirección del equipo (siendo relevado por el hasta entonces adjunto Marino Lejarreta), así como de sus funciones en organismos internacionales. Antes de su retiro había trabajado en encontrar un nuevo patrocinador para el equipo. De esta manera el equipo se quedó sin la financiación de su principal patrocinador, cuando la temporada se encontraba en pleno inicio. Los dos equipos más afectados e implicados en la Operación Puerto, el Liberty Seguros (de categoría ProTour) y el Comunitat Valenciana (de categoría Profesional Continental), perdieron a sus patrocinadores principales como consecuencia del escándalo.
Origen de la investigación
El mismo Fuentes declaraba en una entrevista a la Cadena Ser que le "ha sorprendido mucho que hayan salido unos nombres sí y otros no. También nombres que ni conozco como es el caso de Alberto Contador". En un primer instante, comparecía Alberto Contador en la lista de ciclistas, pero fue retirado su nombre cuando la UCI y la Guardia Civil no había encontrado ninguna prueba concreta de su implicación con el doctor Fuentes. Así, hombres como Joseba Beloki, David Etxebarria, Aitor y Unai Osa no volverían a encontrar equipo después de que estallara la Operación Puerto, a pesar de no estar sancionados. Como consecuencia de esta decisión, fueron apartados un día antes del comienzo de la ronda gala Ivan Basso y Francisco Mancebo, jefes de filas de CSC y Ag2r respectivamente. En la reunión se votó porque todos los equipos se sumasen al código ético (impulsado en su momento por Manolo Saiz), decidiéndose la expulsión de todos los corredores implicados de la carrera.
Gran parte de los ciclistas identificados por la Guardia Civil como clientes de la red de dopaje de Eufemiano Fuentes no fueron confirmados y sancionados deportivamente, por lo que al no pesar sobre ellos imputación penal o suspensión deportiva alguna, podían seguir corriendo en las carreras ciclistas. No obstante, el juez se negó (salvo excepciones) a que las pruebas acumuladas por el instituto armado (bolsas sanguíneas, documentos, grabaciones de vídeo y audio…) fueran facilitadas a organismos deportivos internacionales (UCI, AMA) para estudiar las pruebas e imponer en caso de estimarlo oportuno las sanciones deportivas pertinentes. El 13 de junio los organizadores del Tour de Francia 2006 decidieron retirar su invitación al equipo Comunitat Valenciana por su implicación en la trama de dopaje destapada el 23 de mayo, con la detención entre otros del director adjunto de la formación. El equipo (no ProTour, y por tanto con una participación no asegurada, pendiente de una invitación de los organizadores) había sido invitado por primera vez desde 2003, después de haber sido excluido en 2004 y 2005, precisamente por las denuncias de dopaje interno de Jesús Manzano en el diario As que esta investigación reveló como ciertas.
Juicio por un delito contra la salud pública
El 25 de mayo, dos días después de las detenciones, la empresa Liberty Seguros retiró su patrocinio al equipo de Manolo Saiz por los daños causados a su nombre y al ciclismo. Según consta en el informe de la Guardia Civil, el doctor Fuentes se refería a los integrantes del equipo Liberty Seguros como "los azules" y a los del equipo Comunitat Valenciana como "los verdes", además de figurar su nombre completo en los manuscritos de Fuentes. Una de las consecuencias de la Operación Puerto fue que quedó al descubierto que el dopaje no era un delito según la legislación española vigente en ese momento.
Según consta en el informe de la Guardia Civil, la red de dopaje se extendería hasta Italia por medio de Luigi Cecchini, un controvertido médico deportivo residente en la Toscana y relacionado por la prensa con Eufemiano Fuentes desde la Vuelta a España 2001. Fuentes y Cecchini intercambiarían clientes y atenderían a los del otro cuando estos estuvieran en sus respectivos países. De hecho, uno de los clientes de la red de Fuentes tenía como nombre en clave Clasicómano Luigi, que haría referencia a un cliente especial de Luigi Cecchini tratado por Fuentes. El juez español que le interrogó, Guillermo Jiménez, decidió no abrir una investigación formal, al no ser el dopaje un delito según la legislación española vigente en ese momento y no hallar pruebas suficientes. Al no ser el dopaje un delito en ese momento en España, el juez Serrano solo estudió un posible delito contra la salud pública, que solo incriminaría a los responsables de la red, no a sus clientes (los deportistas). De esta manera, existía la posibilidad de que incluso aunque las autoridades deportivas tuvieran en algún momento acceso a las pruebas recabadas (bolsas de sangre, documentación…) no fuera posible sancionar a través de la justicia deportiva a los deportistas implicados como clientes de la red.
Según el diario alemán Süddeutsche Zeitung, el propio Choina acudiría a España (según confesiones a sus amigos), concretamente a Gran Canaria (isla de la que es oriundo Fuentes), para tratar personalmente a clientes deportistas de alto nivel, e incluso habría propuesto a algún colega de la clínica su incorporación a la trama. Sería el correo del grupo en sus actividades italianas, llegando a desplazarse en ocasiones a un hotel de Madrid para recibir las bolsas de sangre y transportarlas al país transalpino. El equipo dedicado al dopaje liderado por Eufemiano Fuentes en España no sería una organización aislada, sino que pertenecería a una red paneuropea de dopaje con células en distintos países del Viejo Continente; dichas células serían independientes en su funcionamiento, aunque con amplios acuerdos de colaboración entre ellas.
Mundo Mercedes
En agosto de 2007 la ARD (televisión pública alemana) emitió un extenso reportaje de investigación en el que explicaba que el juez Serrano se negó a que los agentes de la Guardia Civil pudieran analizar el contenido de cinco ordenadores portátiles (pertenecientes a Eufemiano Fuentes, Merino Batres y Manolo Saiz), cuando los propios investigadores, en una fugaz revisión de su contenido, habían hallado indicios de que la trama, además del dopaje, incluía delitos vestido esmoquin como evasión de impuestos y blanqueo de dinero. Uno de los puntos de la Operación Puerto que más interés despertó en la opinión pública fue conocer la identidad de los deportistas clientes de la red de dopaje desarticulada. Tras dicha sentencia se autorizó la entrega de muestras de las bolsas a las autoridades deportivas que así lo requiriesen. Curiosamente, sin que supuestamente nadie hubiese tenido acceso a las 211 bolsas conservadas, se anunció que pertenecían a 23 ciclistas y 12 atletas. La Abogacía del Estado reclamaba que la inhabilitación a Eufemiano Fuentes se hiciera extensible al ejercicio de la medicina en general (no solo la deportiva), así como la entrega al CSD de las evidencias documentales y las bolsas de sangre intervenidas en el proceso para emprender en su caso las sanciones administrativas pertinentes; el CONI pedía además tener acceso a los ordenadores incautados.
Investigaciones extranjeras
- Consumado el plante, se produjo después una tensa reunión de los ciclistas en un hotel de Móstoles sobre la actitud a mostrar ante la prensa.
- A principios de 2009, el CONI obtuvo las muestras de 42 del total (alrededor de 200) bolsas sanguíneas incautadas por la Guardia Civil durante los registros del 23 de mayo de 2006, lo que abría la puerta a más confirmaciones de deportistas clientes de la red dopaje de Eufemiano Fuentes (con sus consiguientes sanciones deportivas).
- Los dos equipos más afectados e implicados en la Operación Puerto, el Liberty Seguros (de categoría ProTour) y el Comunitat Valenciana (de categoría Profesional Continental), perdieron a sus patrocinadores principales como consecuencia del escándalo.
- Ante la negativa de las autoridades españolas a continuar con las investigaciones o a facilitar a otros organismos datos para que los clientes pudieran ser sancionados, países como Alemania e Italia iniciaron sus propias investigaciones sobre el caso.
Algunos de los clientes de la red de dopaje que figuraban con nombres en clave en los manuscritos y la documentación incautada durante las detenciones y registros del 23 de mayo de 2006 no pudieron ser identificados por la Guardia Civil. La sección n.º 5 de la Audiencia Provincial de Madrid, atendiendo a los seis recursos presentados (UCI, AMA, AIGCP, RFEC, Fiscalía y Abogacía General del Estado), ordenó mediante un auto al juez Serrano la reapertura del caso el 14 de febrero de 2008. El exciclista del Kelme (y excliente de Eufemiano Fuentes) Jesús Manzano recurrió el archivo del caso al considerar que se había cerrado sin concluir las pesquisas que el propio juez Serrano había decretado, tales como las comisiones rogatorias a otros países para interrogar a ciclistas. Al no pedir el juez el informe de la AEM, dichos hallazgos no pudieron ser completamente demostrados, impidiendo así que estos hechos pudieran ser utilizados como argumentos que demostrarían la existencia de un delito contra la salud pública.
Identificación de deportistas clientes
La actitud del juez Serrano y de las instituciones españolas, contraria a continuar con la investigación o a facilitar las pruebas ya recabadas, provocaron numerosas críticas de organismos internacionales (AMA y UCI) y de federaciones extranjeras (como el CONI italiano), iniciando algunas de estas instituciones sus propias investigaciones y procedimientos sancionadores sobre el caso (de hecho, todas las confirmaciones y sanciones de clientes deportistas efectuadas hasta el momento se han producido fuera de España). Además, el juez Serrano se negó a facilitar a los organismos deportivos internacionales (AMA y UCI) las pruebas recabadas durante la investigación, lo que impidió que los deportistas identificados como clientes de la red de dopaje recibieran sanciones deportivas. La magistrada negó a las autoridades deportivas personadas en el caso el acceso a las pruebas documentales y físicas, como las bolsas de sangre que aún permanecían bajo tutela judicial; con esa medida imposibilitaba la identificación y en su caso sanción deportiva de los clientes de la red de dopaje (en forma de suspensión y/o anulación de resultados). El Juzgado de Instrucción n.º 31 de Madrid (encargado de la Operación Puerto y cuyo juez titular es Antonio Serrano) certificó por escrito que no existía ninguna imputación contra varios ciclistas. Esto se debía a que la investigación del juez Serrano se centraba en un presunto delito contra la salud pública, no en la trama de dopaje, que no fue investigada por el juez al no ser el dopaje delito en España en ese momento, motivo por el cual los clientes ciclistas (no todos los identificados) que declararon ante el juez lo hicieron como testigos, no como imputados. El 14 de septiembre de 2006, como consecuencia de una investigación dirigida por el fiscal de Bonn Friedrich Apostel que investigaba un presunto delito de fraude a su equipo, la policía entró en la casa de Jan Ullrich (identificado por la Guardia Civil como cliente de la red de dopaje de Eufemiano Fuentes) de Suiza y recopiló material de ADN mientras Ullrich estaba de luna de miel con su esposa Sara. Los abogados de Ullrich lograron que las muestras tomadas en Suiza no pudieran ser utilizadas para cotejar el ADN de Ullrich con la sangre de la Operación Puerto, aunque el corredor accedió a dar una muestra de saliva a las autoridades alemanas. Además, el juez Serrano no consideró otros posibles delitos como líneas de investigación que hubiesen justificado una mayor profundización en la investigación de la red de dopaje, como la estafa o daños contra la imagen de los patrocinadores, por ejemplo.
Se pincharon teléfonos para grabar numerosas conversaciones telefónicas entre los responsables y clientes de la trama, que serían de gran importancia para descifrar los nombres en clave hallados en la documentación y bolsas sanguíneas incautadas durante los registros. Así, se localizaron los puntos utilizados por la red de dopaje para desarrollar sus actividades, estando la mayor parte de ellos en el centro de Madrid. Antes de hablar de la investigación sobre la Operación Puerto, ha de señalarse que la actividad del doctor Eufemiano Fuentes era conocida, alentada y apoyada por las autoridades deportivas españolas en los años 80, que buscaban la mejor forma posible de preparación de sus atletas de cara a los Juegos Olímpicos. Habría que preguntarse de dónde obtuvo el teniente Gómez Bastida los fondos necesarios para mantener una investigación policial sobre una actividad que, conforme a la Ley Española vigente, era lícita y legal y, además, contratada en los años 80 por el Gobierno de España para mejorar los resultados deportivos de los atletas españoles de élite, tal y como publicó "El Pais" en su edición de 14 de febrero de 1985. Las investigaciones realizadas por esos países han permitido, de momento, la confirmación (y consiguiente sanción) de seis clientes deportistas, todos ellos (salvo uno) ya identificados por la Guardia Civil. Ante la negativa de las autoridades españolas a continuar con las investigaciones o a facilitar a otros organismos datos para que los clientes pudieran ser sancionados, países como Alemania e Italia iniciaron sus propias investigaciones sobre el caso.
Por lo que, aún respetando al sentencia, no la compartían ya que según su opinión estas prácticas «vulneran gravemente la práctica médica, son contrarias a los principios de Deontología y ética Médica, son contrarias a las normas sanitarias vigentes y son absolutamente inaceptables y reprobables, entre otros motivos, por no constituir una prescripción médica (que es obligación de todo facultativo) y por poner en grave riesgo a los deportistas que sufrieron los tratamientos enjuiciados.». Que estos riesgos contra la salud podían verse incrementados en el caso de que a dicho procedimiento se uniera el consumo de la mencionada eritoproyetina, riesgos que aumentaban aún más en el caso de consumo añadido de otras sustancias. Los jueces consideraron que la conducta enjuiciada es conforme a la Ley Española, es decir, que no realizaron ninguna actividad ilegal según la ley. El 10 de junio de 2016, la Audiencia Provincial de Madrid, dictó sentencia firme por la cual se absolvía a los imputados de todos los delitos por los que se les juzgaba.
Tras esta decisión del equipo alemán, al mediodía se reunieron los representantes de todos los equipos con la organización del Tour en el Palacio de Congresos de Estrasburgo. Consumado el plante, se produjo después una tensa reunión de los ciclistas en un hotel de Móstoles sobre la actitud a mostrar ante la prensa. Entre el domingo 25 de junio y el lunes 26 de junio de 2006, el diario El País publicó un extenso reportaje sobre la investigación de la Guardia Civil. La exclusión del equipo del Tour y la Vuelta ocasionó que la Generalidad Valenciana decidiera retirar su patrocinio (bajo la marca Comunitat Valenciana). Como consecuencia de la retirada de su patrocinador principal, el equipo, continuador del histórico Kelme, desapareció al finalizar la temporada 2006. A cambio de un patrocinio de ocho millones de euros, el equipo pasaba a llamarse Astana-Würth, al ser Astaná el nombre de la capital del país y del principal holding empresarial kazajo y continuar Würth como copatrocinador de la formación, de la que seguía siendo propietaria Active Bay (propiedad a su vez de Manolo Saiz). El nuevo maillot (con el color azul turquesa de la bandera kazaja) fue estrenado el 23 de junio, en el Campeonato de España en contrarreloj.